L'IFESI naît de la volonté de fournir aux Musulmans francophones soucieux de connaître l'Islam, ses valeurs, son histoire et sa civilisation, ainsi qu'à toute personne voulant se faire une idée authentique et originale de cette religion, les connaissances pratiques indispensables et la science théorique nécessaire, de même que la méthode et les moyens.
Une autre motivation de l'IFESI est de présenter l'apport islamique à la civilisation mondiale, que caractérise non seulement le savoir que l'Islam mit en place, mais surtout sa prodigieuse harmonisation entre le réalisme de l'approche, la profondeur de l'idée et la vitalité du style, le tout à l'ombre d'une éthique irréprochable.
A travers ses différents départements, notamment le DSI, l'IFESI s'adresse à tous ceux qui assument ou projettent d'assumer la responsabilité d'enseignant, de conférencier, d'écrivain, d'Imâm ou de responsable d'une mosquée ou d'une association islamique, mais aussi à tout(e) chercheur(se) ou étudiant(e) en quête de connaissance islamique approfondie, ainsi qu'à toute Musulmane et tout Musulman voulant harmoniser son comportement de tous les jours avec les normes islamiques fondamentales, en partant du principe que l'Islam est, avant tout, un savoir et notamment un domaine du savoir dont l'emblème est, tel que dénoté par le premier mot révélé du Coran : "Lis ".